Kwota wolna: 30 000 zł Próg: 120 000 zł Na bieżącoZmiany podatkowe od 2027: nowa skala PIT, ryczałt i CIT. Co już wiadomo najbliższy termin: 16 listopada
Firma i KSeF

Kontrola podatkowa w firmie: zawiadomienie, terminy i prawa podatnika

Autor: Piotr Nowicki 6 min czytania

Kontrola podatkowa zaczyna się co do zasady od zawiadomienia, a w mikrofirmie może trwać najwyżej 12 dni roboczych w roku. Wyjaśniamy, czym różni się od czynności sprawdzających i dlaczego korekta przed kontrolą jest tańsza.

kontrola podatkowa w firmie - przegląd dokumentów
Fot. Magnific / pressfoto

Pismo z urzędu skarbowego z informacją o kontroli potrafi zepsuć tydzień. Zwykle jednak nie oznacza ani zarzutów, ani nieuchronnej dopłaty. Część takich spraw to rutynowe czynności sprawdzające, które kończą się na wyjaśnieniu albo jednej korekcie. Prawdziwa kontrola podatkowa ma z kolei ścisłe reguły, które chronią także przedsiębiorcę: terminy, limity czasu i prawo do udziału w każdej czynności.

Wyjaśniamy, czym różnią się czynności sprawdzające od kontroli, co musi się znaleźć w zawiadomieniu, ile może trwać kontrola w małej firmie i dlaczego czas między zawiadomieniem a przyjściem kontrolerów jest najlepszym momentem na korektę.

Czynności sprawdzające i kontrola: to nie to samo

Czynności sprawdzające to najprostsza forma weryfikacji. Urząd sprawdza w swoim biurze, czy złożyłeś deklarację w terminie, czy jest poprawna formalnie i czy dane zgadzają się z innymi dokumentami, na przykład z plikiem JPK albo z fakturami kontrahenta. Możesz dostać wezwanie do złożenia wyjaśnień, dostarczenia dokumentów potwierdzających ulgę albo do skorygowania deklaracji. Oczywiste drobne błędy rachunkowe urząd może poprawić sam, a Ty masz 14 dni na sprzeciw wobec takiej poprawki.

Kontrola podatkowa to formalne postępowanie prowadzone przez urząd skarbowy, zwykle w siedzibie firmy lub w miejscu prowadzenia działalności. Kontrolerzy przeglądają księgi i dokumenty, mogą przesłuchać świadków, obejrzeć majątek i powołać biegłego. Kończy się protokołem.

Jest jeszcze kontrola celno-skarbowa, prowadzona przez naczelnika urzędu celno-skarbowego, a nie urząd skarbowy. Ma inne zasady, w tym inne terminy na korektę, i przy dużych sprawach warto od razu skorzystać z pomocy specjalisty. W tym tekście skupiamy się na kontroli podatkowej i czynnościach sprawdzających.

Zawiadomienie o zamiarze wszczęcia kontroli

Ordynacja podatkowa wymaga, by urząd najpierw zawiadomił Cię o zamiarze wszczęcia kontroli. Kontrola może się zacząć najwcześniej po 7 dniach od doręczenia zawiadomienia i najpóźniej przed upływem 30 dni. Jeśli w tym czasie urząd jej nie wszczął, musi wysłać nowe zawiadomienie. Na wcześniejszy start możesz się zgodzić, ale nie musisz.

Bez zawiadomienia kontrolę można przeprowadzić tylko w wyjątkowych sytuacjach wymienionych w przepisach, na przykład gdy działalność nie została zgłoszona, przy sprawdzaniu zasadności zwrotu VAT, przy kontroli kasy fiskalnej, przy podejrzeniu przestępstwa skarbowego albo gdy dochody nie mają pokrycia w ujawnionych źródłach.

W zawiadomieniu sprawdź zakres kontroli: jakiego podatku i jakiego okresu dotyczy. To ważne, bo właśnie w tym zakresie po rozpoczęciu kontroli nie złożysz już skutecznej korekty.

Korekta przed kontrolą: najlepszy moment

Od doręczenia zawiadomienia do dnia wszczęcia kontroli masz od tygodnia do miesiąca. Jeśli przeglądając dokumenty znajdziesz błąd, możesz w tym czasie złożyć korektę deklaracji i dopłacić podatek. Po wszczęciu kontroli prawo do korekty w zakresie nią objętym zostaje zawieszone, a korekta złożona w tym czasie nie wywołuje skutków prawnych.

Korekta po zawiadomieniu ma jedną wadę: nie przysługuje już obniżona stawka odsetek. Obniżone odsetki (50% stawki podstawowej) dostajesz tylko wtedy, gdy złożysz korektę najpóźniej w ciągu 6 miesięcy od terminu złożenia deklaracji, zapłacisz zaległość w ciągu 7 dni i zrobisz to przed doręczeniem zawiadomienia o kontroli.

Przykład

Pani Joanna zaniżyła PIT za 2025 rok o 5 000 zł, bo zaksięgowała prywatny wydatek jako koszt. Termin zeznania minął 30 kwietnia 2026 roku. Przyjmujemy stawki odsetek obowiązujące od marca 2026 roku: podstawową 10,5% i obniżoną 5,25% rocznie, bez zmian w kolejnych miesiącach.

Jeśli sama złoży korektę i zapłaci po 75 dniach, odsetki wyniosą 54 zł. Jeśli zrobi to po 75 dniach, ale już po zawiadomieniu o kontroli, zapłaci odsetki według stawki podstawowej: 108 zł. Gdyby błąd znalazła kontrola, a zaległość została zapłacona po 420 dniach, odsetki przekroczyłyby 600 zł (604 zł), nie licząc ryzyka odpowiedzialności karnej skarbowej.

Samodzielna korekta z dopłatą podatku ma też znaczenie karne skarbowe. Przepisy kodeksu karnego skarbowego przewidują, że co do zasady nie odpowiada karnie ten, kto złożył skuteczną korektę i niezwłocznie zapłacił zaległość, zanim organ sam wykrył nieprawidłowość. Zasady samej korekty, w tym w e-Urzędzie Skarbowym, opisujemy w tekście korekta PIT: jak i kiedy ją złożyć.

Przebieg kontroli: Twoje prawa i obowiązki

Kto przychodzi i z czym

Kontroler musi okazać legitymację służbową i doręczyć imienne upoważnienie do kontroli. Zakres upoważnienia powinien odpowiadać temu, co było w zawiadomieniu. U jednego podatnika co do zasady może trwać tylko jedna kontrola podatkowa naraz, a kontroler nie może rozszerzyć jej na podatki, których nie ma w upoważnieniu.

Ile może trwać

Prawo przedsiębiorców ogranicza łączny czas wszystkich kontroli u jednego przedsiębiorcy w roku kalendarzowym. Mikroprzedsiębiorcę można kontrolować łącznie najwyżej przez 12 dni roboczych, małego przedsiębiorcę przez 18, średniego przez 24, a pozostałych przez 48 dni roboczych w roku. Limit dotyczy wszystkich organów razem, nie tylko urzędu skarbowego, choć przepisy przewidują od niego wyjątki.

Co możesz

  • przygotować dokumenty w czasie między zawiadomieniem a rozpoczęciem kontroli,
  • brać udział w każdej czynności kontrolnej, w tym w przesłuchaniu świadków i oględzinach,
  • ustanowić pełnomocnika (na przykład księgowego lub doradcę podatkowego); jeśli nie będzie Cię w firmie, pełnomocnik jest wręcz potrzebny,
  • składać wnioski dowodowe i wyjaśnienia,
  • przeglądać akta kontroli,
  • złożyć sprzeciw, jeśli kontrola jest prowadzona z naruszeniem przepisów, na przykład z przekroczeniem limitu czasu.

Co musisz

  • udostępnić księgi, ewidencje i dokumenty dotyczące zakresu kontroli oraz umożliwić wykonanie ich kopii,
  • wpuścić kontrolerów do pomieszczeń firmy w godzinach jej pracy,
  • wskazać osobę, która będzie udzielać informacji pod Twoją nieobecność,
  • prowadzić książkę kontroli (papierową lub elektroniczną) i okazać ją kontrolerowi, który wpisuje do niej kontrolę.
Warto wiedzieć

Kontrolerzy mają dostęp do danych z KSeF i plików JPK jeszcze przed wizytą. Rozbieżności między fakturami w systemie a księgami są dziś jednym z najczęstszych powodów zainteresowania urzędu. Jak uporządkować faktury w KSeF, piszemy w tekście KSeF w praktyce małej firmy.

Protokół i co dalej

Kontrola kończy się doręczeniem protokołu w dwóch egzemplarzach, z których jeden dostajesz Ty. Protokół nie jest decyzją ustalającą podatek, to opis ustaleń i dowód w ewentualnym postępowaniu. Masz 14 dni od jego doręczenia na zgłoszenie zastrzeżeń lub wyjaśnień i nowych wniosków dowodowych. Urząd ma tyle samo czasu, żeby je rozpatrzyć i poinformować Cię o sposobie załatwienia.

Po zakończeniu kontroli prawo do korekty wraca. Jeśli zgadzasz się z ustaleniami, złóż korektę uwzględniającą wykazane nieprawidłowości i zapłać zaległość z odsetkami. W ten sposób zwykle unikniesz postępowania podatkowego. Jeżeli nie skorygujesz deklaracji, urząd może w ciągu 6 miesięcy od zakończenia kontroli wszcząć postępowanie i wydać decyzję określającą podatek.

Jeśli nie zgadzasz się z ustaleniami, Twoim narzędziem są zastrzeżenia do protokołu, a później odwołanie od decyzji i skarga do sądu administracyjnego. Przy kontroli dotyczącej dużych kwot albo zagrożonej postępowaniem karnym skarbowym pomoc doradcy podatkowego lub adwokata jest zwykle warta swojej ceny. Na co zwracać uwagę przy wyborze stałej obsługi, piszemy w tekście jak wybrać biuro rachunkowe.

Jak przygotować firmę na każdą kontrolę

  • Trzymaj dokumenty przez co najmniej 5 lat, licząc od końca roku, w którym minął termin zapłaty podatku.
  • Do każdego nietypowego kosztu dołącz krótkie uzasadnienie: dlaczego wydatek służył firmie.
  • Raz w roku porównaj księgi z danymi z KSeF i z wyciągami bankowymi.
  • Pilnuj terminów deklaracji i wpłat; listę znajdziesz w kalendarzu podatkowym.
  • Jeśli wiesz o błędzie, nie czekaj na zawiadomienie. Korekta złożona wcześniej jest tańsza.

Najczęstsze pytania

Czy wezwanie do złożenia wyjaśnień oznacza kontrolę?

Nie. To zwykle czynności sprawdzające prowadzone w urzędzie. Nie obowiązują przy nich limity czasu z Prawa przedsiębiorców, a korekta deklaracji jest w ich trakcie możliwa.

Czy mogę nie wpuścić kontrolera?

Jeśli kontroler ma upoważnienie i legitymację, a kontrola jest prowadzona zgodnie z przepisami, musisz umożliwić jej przeprowadzenie. Gdy uważasz, że naruszono przepisy, możesz złożyć sprzeciw, ale rób to świadomie, najlepiej po konsultacji.

Czy mogę złożyć korektę w trakcie kontroli?

Nie w zakresie objętym kontrolą. Korekta złożona w tym czasie nie ma skutków prawnych. Możesz ją złożyć przed wszczęciem kontroli albo po jej zakończeniu.

Ile czasu urząd ma na kontrolę moich rozliczeń z przeszłości?

Co do zasady zobowiązanie podatkowe przedawnia się po 5 latach od końca roku, w którym upłynął termin płatności podatku. Przepisy przewidują jednak sytuacje, w których bieg tego terminu jest przerwany lub zawieszony.

Źródła

  • Ustawa z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (art. 56a, art. 81b, art. 165b, art. 272-274c, art. 281-292) - tekst jednolity, ISAP
  • Ustawa z 6 marca 2018 r. Prawo przedsiębiorców (art. 48, art. 55, art. 57, art. 59) - tekst jednolity, ISAP
  • Ustawa z 10 września 1999 r. Kodeks karny skarbowy (art. 16, art. 16a) - tekst jednolity, ISAP
  • podatki.biz, Nowe stawki odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych: 5,25%, 10,50% i 15,75%, 11 marca 2026
  • prawo.pl, Czynności sprawdzające - komentarz
  • poradnikprzedsiebiorcy.pl, Kontrola podatkowa - co warto o niej wiedzieć
  • podatki.biz, Kontrola podatkowa a korekta deklaracji

Artykuł ma charakter informacyjny i nie jest poradą podatkową w rozumieniu ustawy o doradztwie podatkowym. Przepisy się zmieniają - w sprawach nietypowych sprawdź aktualny stan prawny lub skorzystaj z pomocy doradcy podatkowego.

Temat: Firma i KSeF

Piotr Nowicki

Zajmuje się jednoosobowymi firmami: formą opodatkowania, składką zdrowotną, KSeF i kontrolami podatkowymi. Śledzi zmiany w przepisach i komunikaty Ministerstwa Finansów.

Czytaj dalej

Polecamy